怪盗基德的预告信在北海道函馆的斧江财阀收藏库中出现，预示着他即将盗取的是江戸幕府时期新选组副长土方岁三的名刀。令人惊讶的是，这位一贯偏爱奢华宝石的怪盗基德，这次却将目标锁定在了日本刀上。与此同时，被誉为西部名侦探的服部平次以及柯南一行人因剑道大会抵达函馆。基德执行预告行动的那天，平次识破了基德的伪装，并开始紧追不舍。在同一时刻，函馆仓库街发现了一具尸体，其胸口带有十字形的伤口。调查过程中，一位被称为“死之商人”的美籍日裔军火商进入视野，他活跃于亚洲地区，一直在寻找斧江家初代家主在函馆藏匿的宝藏。斧江家在江戸幕府战争时期专注于军需产业，传说中那宝藏是能影响幕末纷争的强大武器。而这个宝藏似乎与基德所追求的刀有着错综复杂的联系。当基德锁定目标刀的同时，一位剑士也正悄悄接近基德……